Los musulmanes erigieron un primer Alcázar en la cima del cerro sobre el que se asienta la ciudad, transformado y reestructurado posteriormente por los cristianos. Estaba compuesto por tres fortificaciones diferenciadas: el Alcázar Viejo, Abrehuy y el Alcázar Nuevo. Sobre las dos primeras fortalezas se construyó el actual Parador Nacional de Turismo, por lo que el Alcázar Nuevo es casi lo único conservado.
El Alcázar Nuevo fue mandado construir por Fernando III tras la conquista de la ciudad, pero fue durante los reinados de Alfonso X y posteriormente, en el siglo XVII, en el reinado de Fernando IV, cuando se intensificaron las obras. Está compuesto por cinco torres y la del Homenaje. A la fortaleza se accede a través de una puerta abocinada con arco ojiva. En el interior una gran explanada, dividida en patio inferior y superior, sirve de distribuidor a las distintas zonas. En una de las torres albarranas está la capilla de Santa Catalina que alberga la imagen de la patrona de Jaén. La torre de la Vela y la de las Damas, formaron parte de la antigua fortificación musulmana. La torre de las Troneras, con puerta en codo, tiene en el interior una habitación abovedada, espacio dedicado al aseo y letrinas. Junto a esta torre hay un portillo o puerta secundaria. La gran torre del Homenaje, de planta rectangular y con tres estancias en el interior, fue finalizada en tiempos del Condestable Iranzo.
Durante la ocupación francesa se realizaron varias reformas como la construcción de un hospital, las caballerizas, pabellones para el gobernador, un área de oficinas y una plataforma artillera.
Declarado Monumento Histórico en 1931.