"Garciotún" se deriva de "García Hortum o Fortun", personaje que repobló el lugar a raiz de la reconquista por los castellanos. En tiempos de Alfonso VI vive un Fortun Blázquez, al que le encarga ese monarca repoblar la Mesa de Ocaña. Después se conocerá por "Garciotún".
Dependía, en lo administrativo y en lo religioso, de El Castillo de Bayuela, de cuya iglesia era aneja, hasta que en 1670 se independiza, tomando el título de villa. No obstante, siguió perteneciendo al estado de El Castillo Bayuela y Montesclaros.