Hay en Murillo restos de una calzada romana que podría estar relacionada con la vecindad a la mansión de Berberana que pudo estar en el actual lugar de San Martín de Berberana.
En el término de San Vicente, hubo un pueblo y se mantenían las ruinas de su iglesia de factura románica; en sus alrededores hay restos romanos y medievales.
En la ladera sobre el río Leza hay cuevas que según la tradición oral estuvieron habitadas por los moros. Hay también referencias orales que narran la existencia de poblamientos en Villata o Villatogote, y San Bartolomé.
En la historia escrita aparece esta localidad en la donación hecha por Doña Estefanía de Navarra, esposa de D. García el de Nájera a su hijo Don Ramón, en la que le entrega varios pueblos de la zona, en el siglo XI.
Murillo fue de los Ramírez de Arellano, y hasta la desaparición de los Señoríos fue condado pero era de jurisdicción real.