El Convento de San Francisco fue mandado construir a principios del siglo XVII por el Arzobispo de Zaragoza, Fray Bernardo de Fresneda, confesor de Felipe II. Siendo enterrado en la parte central delantera de la iglesia de Nuestra Señora de los Ángeles. Ésta es de una sola nave con pequeñas capillas laterales. Su entrada está situada bajo el coro. El extraordinaria retablo Mayor fue construido hacia 1602 interviniendo diversos pintores burgaleses.
Su fundador fue una persona muy culta que dejó todos sus bienes para crear el convento de frailes franciscanos, con la intención de que se convirtiese en Universidad, para lo cual fundó el Colegio de San Buenaventura.
Tras la desamortización de Mendizabal ha tenido distintos usos, actualmente parte del convento es una residencia para personas mayores, llamada Hospital del Santo. Además está el Taller Diocesano de Restauración de Obras de Arte. La iglesia permanece prácticamente cerrada al culto, realizándose éste en la amplia Sacristía. Existe un proyecto que está en fase de ejecución que convertirá parte del convento en una Hospedería y se ampliará considerablemente el Taller Diocesano de Restauración de Obras de Arte.