El monasterio fue fundado por D. Alonso Pérez de Guzmán - conocido por el Bueno - y su mujer Dª María Alonso Coronel en 1.301 para sepulcro de sus cenizas y como testimonio de su piedad, a partir de un privilegio concedido en 1.298 por Fernando IV , rey de Castilla.
La edificación tuvo lugar sobre una ermita mozárabe que según la tradición fue donde estuvo enterrado San Isidoro hasta su traslado a la Colegiata de León en 1.063.
Unida a la primera iglesia, D. Juan Alonso , hijo de Guzmán el Bueno , construyó otra nave , siendo ambas conocidas como las iglesias gemelas.
El Monasterio fue cedido a los monjes Bernardos Cistercienses que estuvieron en él hasta 1.431, fecha en la que fueron sustituidos por los ermitaños de los Jerónimos . En 1.568 fue ocupado por la orden de los Jerónimos, quienes fueron exclaustrados en 1.835 con la desamortización de Mendizábal.
En este Monasterio , a mediados del siglo XVI , se inició la traducción al castellano de la Biblia , llamada Biblia del Oso .
Los monjes de San Isidoro del Campo fueron los que ampararon a los pobladores de Santiponce el viejo, cuando éste sucumbió bajo las aguas del río Guadalquivir en las inundaciones de 1.603 .
El prior del Monasterio dio a los habitantes del antiguo pueblo nuevas tierras más altas sobre la ciudad romana de Itálica , dando lugar al actual Santiponce
Posteriormente , y en tiempos recientes , el monumento ha servido de correccional de mujeres y de fábrica de tabaco y de cerveza.
En 1.956 vuelven los Jerónimos quienes permanecen hasta 1.978 , año en el que lo abandonan definitivamente . Permanece abierto desde el 10 de julio de 2002.