Hasta la finalización de la Almudena, la flamante nueva catedral madrileña consagrada por Juan Pablo II en 1993, el templo en que los restos de San Isidro y su esposa, Santa María de la Cabeza, en una doble urna de plata conservó el estatus de Iglesia Catedralicia. De estilo barroco jesuítico -por haber sido fundada y reedificada por la Compañía de Jesús en el siglo XVII- fue remodelada por Ventura Rodríguez para dar cabida a las santas reliquias, en tiempos de Carlos III. Se destruyó totalmente por un incendio en 1936.