Su origen se remonta a la época árabe, siendo repoblado en el siglo XIII por la Orden de Santiago, en la que se integró bajo la dependencia de Hornachos con categoría de cabeza de Encomienda. La Casa de ésta se situaba frente a la iglesia parroquial, habiéndose conservado su estructura del siglo XVI hasta que, dividida en 1910 por cuestiones testamentarias, comenzó a ser transformada, concluyendo por perder su naturaleza originaria.
Posteriormente el lugar pasó a posesión de la poderosa familia de los Quirós, que hizo grabar en el altar mayor de la iglesia, como señal de su dominio sobre el pueblo, la siguiente divisa: "Después de Dios, la Casa de Quirós". En 1618 la localidad alcanzó mediante compra a Felipe III, su autonomía como Villa exenta.
En Palomas se desarrollan los acontecimientos narrados en la obra de Felipe Trigo "El médico rural".