La Hermandad se creó el 20 de noviembre de 1501. Diez años después recibía la cuantiosa herencia del Padre Fernando Alffonso, quien dispuso en testamento la creación de un hospital para "dar de comer a los pobres y huérmanos y viudas, y administrar a los dolientes y enfermos las cosas de su necesidad". A partir de esta fechas, las donaciones se sucedieron sin interrupción. La Misericordia se convirtió en la primera propietaria de fincas, tanto rústicas como urbanas, del término.
La Hermandad al principio no tuvo local propio. En 1520 el Rey ordenó su tralado a la Ermita del Espíritu Santo, frente a la puerta de Los Angeles. Aunque las primeras obras se inician en 1548, y continúan a lo largo del mismo siglo, la iglesia alcanza su fisonomía actual sólo en 1732. La capilla, de una sola nave, está toda ella recubierta en su interior por azulejos barrocos de Manuel dos Santos, representando las obras de Misericordia.
Importantes obras de reforma afectaron a las dependencias propiamente hospitalarias en el siglo XIX y nuestros días. En la actualidad, la Misericordia se mantiene como asilo de ancianos atendido por las Hijas de San Vicente de Paúl.