Impulsó su construcción a principios del XVI el primer Obispo de Ceuta con residencia en Olivenza, Fray Henrique de Coimbra, compañero de Cabral en el descubirimiento del Brasil. El templo, auténtica obra prima del estilo manuelino, supera en belleza y monumentalidad a alos modelos en que se inspiró: el Convento de Jesús de Setúbal y la Seo de Elvas.
En su exterior destacan las falsas almenas, pináculos, gárgolas, puertas laterales y la principal -un añadido renacentista-, atribuida a N. Canterenne.
Pero lo que más sobrecoge al visitante es su vasto interior, a un tiempo robusto y sensual, dividido en tres naves por ocho formidables columnas torsas que parecen evocar el cardamen de un navío. El francés Boytac, tal vez Diego o Francisco de Arruda, fueron los creadores de este espacio mágico donde el espíritu se siente envuelto por un movimiento que es también reposo.