A principios del siglo XVI, fue reedificada en su totalidad por Fray Diego de Deza. Lo realmente significativo de esta iglesia es que contiene las pinturas murales del Real Monasterio de Santa Clara. Son pinturas de estilo gótico, aunque conservan rasgos del románico y pudieron ser obra de una mujer, ya que en la última de las pinturas se lee "Teresa Dieç me fecit".