La fundación como beaterio de este Convento data de tiempo inmemorial. Fué establecido por primera vez en el año 1422, tomando sus ocupantes el hábito de la Tercera Orden de San Francisco. En 1618 hicieron el voto de clausura y petición de una Abadesa de la Orden de Santa Clara como fundadora y reformadora. El acto oficial de Fundación se celebró el 16 de septiembre de 1619. El edificio que actualmente alberga la comunidad de monjas de Sta. Clara fué construído en 1880. Esta comunidad cuenta con gran arraigo y tradición en la villa de Gernika y en toda Bizkaia.