Su construcción es de grandes proporciones. El acceso se realiza por una gran escalinata. El altar actual está rodeado de veintiún piedras cúbicas. En el jardín del santuario hay elementos simbólicos de la vida de Vizcaya: la vida marinera, mediante un ancla; la Vizcaya agrícola, mediante una laya, útil de labranza; y la Vizcaya industrial, mediante una turbina de piedra procedente de una antigua ferrería. Destacan dos ermitas casi equidistantes del Santuario, y unidas a éste y entre sí por una calzada: Santa Apolonia y Santo Cristo.

En Urkiola, aislada, en la ladera sur de Urkiolagirre, bordeando el Santuario por la derecha, y a unos 200 metros, en medio de un hayedo, se encuentra la ermita de Santa Apolonia, popularmente "Santutxu" que se asienta en la antigua calzada de Vitoria. Antiguamente tenía función de humilladero, pues los peregrinos se detenían antes de llegar al Santuario, preparándose para la penitencia o promesa hecha al santo. Está edificada sobre una fuente, a cuyas aguas se atribuyen virtudes curativas. Santa Apolonia fue considerada la patrona de los dentistas del Duranguesado. Parece ser que por debajo de la ermita pasaba en otro tiempo el Camino Real.

Al noroeste del Santuario, en la carretera, se encuentra la Ermita del Santo Cristo, popularmente "Kristoren ermita". Está vinculada al Santuario también mediante una calzada. El Santuario de Urkiola y las ermitas del Santo Cristo y Santa Polonia son monumentos próximos al área recreativa de Saibi-Erreka.