Se estima que la primera ermita fue construida en el año 1500, aunque no aparece en documentos escritos hasta el año 1650. Está situada en el barrio, marinero por excelencia, de Mamariga. Cuenta la leyenda popular que en el año 1600 apareció en la costa de Santurtzi, en los arrecifes de Lallana, una imagen de la Virgen a la que se atribuyen numerosos milagros entre las gentes de la mar. Por este motivo se sustituyó la antigua devoción a Santa Eulalia por la Virgen del Mar. El edificio actual fue construido por Francisco Berriozabalgoitia en el año 1901, y es de estilo neogótico.