La iglesia se encuentra en el centro de Garai, en la parte alta, detrás de la gran encina situada a espaldas del ayuntamiento. Fue erigida como iglesia sacramental hacia el año 1550. Es una pequeña iglesia parroquial fundada a mediados del siglo XVI, que oculta en su interior una original techumbre con bóvedas y artesonados de madera. En la actualidad la iglesia no tiene culto y se dedica a acoger iniciativas culturales del municipio de Garay.
Es un templo sencillo dotado de una sola nave con la cabecera ochavada. Tiene un pórtico acogedor orientado al Sur y una torre de campanas de piedra alzada al Este. La planta se corresponde a una iglesia de espacio interior unificado, sin compartimentaciones, ni soportes intermedios, pero sin embargo, el sistema de cubrición de la nave es una estructura de madera más compleja y muy poco frecuente en el País Vasco.

La cubierta se divide longitudinalmente en tres ambientes diferenciados, de los cuales el central -que se equipararía con la nave mayor- es una armadura de limas o de artesa, ochavada en la cabecera y recta en los pies. Los espacios laterales acogen sendas parejas de capillas hornacinas, realizadas también de madera. El almizate plano del techo y los faldones están casetonados, y ésta es la única ornamentación de la techumbre, ya que tanto la tablazón como las vigas estructurales: pares, falsos nudillos, cabrios, limas y cuadrales, son de madera de roble cruda, sin tallas ni policromía. Este tipo de techos de artesa, que son comunes en el valle del Duero y otras partes de España, sólo tienen algún parentesco conocido en el entorno en las iglesias de Lemoiz y Elexabeitia (Artea).

El coro alto, que ocupa toda la anchura de la nave, es también una obra de carpintería de armar. Está asentado sobre un amplio arco cuyas enjutas son dos hojas de tablazón machihembrada. Las tablas que lo forman se disponen verticalmente, alternándose las piezas lisas con otras más finas labradas con un frente biselado. Toda esta obra de carpintería, incluida la estructura del techo, estaba completándose hacia 1616.

El campanario fue el último elemento en añadirse a la iglesia de San Juan Evangelista. Es una pequeña torre neoclásica de tres cuerpos rematada en cúpula, diseñada por el maestro de obras durangués Mateo Barrenechea en 1850.

En la actualidad se conservan dos retablos laterales de madera dorada y policromada. Uno de columnas salomónicas, armado hacia 1700, que estuvo dedicado a la Virgen, y otro de columnas toscanas estriadas, más clásico y proporcionado, construido hacia 1635 y originalmente presidido por la imagen de San Antonio Abad.