El conjunto formado por la iglesia de Juan Real y el edificio posterior de la calle María Muñoz, hoy ocupado por el Museo Histórico Vasco, fue construido a principios del siglo XVII por los Jesuitas y dedicado a Colegio hasta que se culmina su expulsión decretada por Carlos III en 1767.
En 1770 se corta la comunicación entre el Colegio y la Iglesia, dedicándose el primero a Santa Casa de Misericordia y colegio pupilaje de maestros. La iglesia asume el carácter de parroquia con el nombre de Los Santos Juanes.Se considera este templo como el comienzo del barroco vizcaino. Su fachada es de una austeridad a medio camino entre el Renacimiento y el Barroco Europeo. Interiormente presenta planta basílica, con tres naves, de altura mayor la central y más estrechas las laterales. El ábside guarda un retablo característico barroco.