Data del Siglo X, pero es el 13 de agosto de 1192, , cuando el rey Alfonso VIII confirma al monasterio de Santo Tomé las propiedades adquiridas en Sepúlveda y otros lugares. A lo largo de los siglos este convento aparece en los escritos de los cronistas por diversos motivos, destacando en 1573 una bula papal de Gregorio XIII en la cual a petición de Felipe II se aneja el priorato (desde 1412 y debido al descontento de las autoridades eclesiásticas con los canónigos reglares pasa a ser de abadía a priorato), al monasterio de San Lorenzo de El Escorial.