Fundado por los Franciscanos de Vélez-Rubio en el S.XVII, dándole el nombre de su fundador de la Orden (San Francisco). El Monasterio tiene una historia agitada, habiendo sido cuartel de las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia (1808-1812).
Después de la Desamortización de Mendizábal (1837) quedó sin uso hasta finales del S.XIX, instalándose la Orden de las monjas Claretianas. Tanto el Convento como la Iglesia datan de principios del S.XVII.
En la torre de la Iglesia destacan elementos de estilo mudéjar. En la fachada destacan las esculturas con representaciones de S. Antonio, La Purísima y de Jesús Nazareno.
El retablo barroco, fue desmantelado en la década de los 70. Destacar que en esta Iglesia se encuentra la imagen de La Purísima (de enorme devoción y veneración en Vélez-Rubio, saliendo a la calle, sólo en contadas ocasiones y con motivo de acontecimientos extraordinarios . 2 ó 3 veces sólo en este siglo.