En el interior de la basílica se encuentra la Patrona de Almería, Nuestra Señora del Mar. Está considerada Monumento Histórico Artístico.

De la aparición de la venerada imagen Orbaneja hablan ya los relatos primitivos de Fray Juan de Baena y Fray Umberto de Salvatierra. En 1738, el Ayuntamiento, considerando a la Virgen del Mar su patrona y protectora, acuerda celebrar las fiestas en su honor a partir de 1740. Almería aprende a encomendarse a la Santísima virgen del Mar en los apuros propios y ajenos.

En las actas del cabildo del 22 de diciembre de 1747 se le llama "Patrona de la Ciudad". En las del 13 de septiembre de 1800 se dice que está "declarada nuestra Patrona", aunque, en realidad, hasta después de los terremotos de agosto de 1804 no se hacen los trámites pertinentes para declarar oficialmente el patronato y pedir a la Santa Sede que lo apruebe y confirme.

El 23 de julio de 1806, los comisarios Don Antonio María Puche y Don Andrés Ducet comunican que el Ayuntamiento ha recibido los Breves pontificios, que confirman "Patrona especial de esta Ciudad a Nuestra Señora del Mar".

En 1864, el arquitecto José María Bladó construye la portada lateral del templo. En 1889, Cuartana y López Rull construyen la portada principal. En los últimos tiempos se ha restaurado el templo, los techos y la puerta principal.