Se empezó a construir en el s. XVI por Andrés de Vandelvira. Luego parece que las obras se interrumpieron en 1575, posiblemente por la muerte del arquitecto. Las obras se volvieron a emprender en 1614 por iniciativa del cardenal Baltasar Moscoso.

La reorganización del espacio interno la planteó Juan de Aranda, diseñando un coro en alto para aprovechar el amplio hueco que quedaba entre los estribos, también realizó la portada principal es Manierista tanto en su concepto como en ornamentación, labrada en piedra y estructurada a modo de retablo.
Sus elementos más llamativos son el arco de medio punto que abre la puerta, las dobles columnas que la flanquean, los motivos ornamentales como punta de diamante o los estructurales como pilastras y frontones partidos semicirculares
A partir de 1670 López de Rojas obró el coro, cubrió el sotocoro con bóvedas de cañón con lunetos y trazó la torre, otro de los referentes destacados del templo. Su base cuadrangular y primer cuerpo, carente de decoración, lo apuntalan fuertes estribos. En 1775 se haria cargo de levantar el segundo cuerpo de la torre, Ventura Rodriguez.