La iglesia se edificó, según algunas tradiciones sobre el espacio que ocuparía la mezquita musulmana. Se edifica en dos fases: la primera corresponde al alzado del cuerpo, un espacio rectangular de tres naves y la primitiva capilla mayor de Martín de Bolívar, utilizándose el elemento gótico más característico: la bóveda de crucería. La segunda, a una nueva capilla mayor de estilo renacentista obre de Francisco del Castillo. Destacar las dos portadas que desarrollan un programa iconográfico de tema mariano donde se mezclan elementos renacentistas, tanto figurativos como heráldicos.