Fundación del s. XVI debida al obispo auxiliar de la diócesis de Toledo don Melchor de Soria y Vera, natural de Jaén. La iglesia, de planta de cruz latina, responde al ideal de sobriedad monástica y herreriana . La portada principal se concibe como un gran arco triunfal flanqueado por severas pilastras toscanas. Está rematada por una hornacina con la imagen de Santa Clara, obra de Diego de Landeras.
La iglesia guarda una rica colección de pinturas entre las que descuellan las de Ángelo Nardi.