Tiene su origen en el antiguo hospital medieval de la Santa Misericordia, en 1619 se le concedió a la Orden de San Juan de Dios. Tras la desamortización de Mendizabal pasó a la Diputación Provincial, que lo mantuvo como hospital de beneficencia hasta 1980 y recientemente lo ha restaurado como centro cultural y en el que tiene su sede el Instituto de Estudios Giennenses.
Conserva la portada gótica primitiva y se estructura en torno a dos patios interiores, el de mayor altura presenta doble galería de arcos toscanos y jónicos. La iglesia fue reconstruida tras un incendio en 1919.