Comenzada a construir en 1508 no se terminó hasta 1606; la duración tan larga de las obras determinó los distintos estilos del templo: junto a caracteres propios del último período del gótico aparecen otros rasgos del "gótico vasco".
Exteriormente es una mole de piedra de sillería, con pesados contrafuertes, carente de ornamentación, excepto la portada barroca del siglo XVII y varias gárgolas góticas que se recortaban en el cielo, hoy difíciles de advertir tras la reforma llevada a cabo en el alero del tejado hace dos décadas.
Es un edificio de planta rectangular de salón en tres naves y ábside de testero plano. La parte más antigua es la absidal, donde se pueden apreciar caracteres góticos en las columnas adosadas a los muros.
De las bóvedas, sustentadas por columnas clásicas, sólo se conservan las del ábside y del coro, habiendo sido sustituidas el resto en este siglo. El retablo barroco del altar mayor fue diseñado por Bernabé Cordero de Madrid, y las esculturas ejecutadas por Juan Bascardo de Andoain a mediados del siglo XVII. El dorado no se llevó a cabo hasta un siglo después.
Presidiendo el retablo hay una imagen gótica de la Virgen del Juncal, siendo la más antigua que se conoce en Gipuzkoa.
Fue declarada Monumento Histórico-Artístico Nacional en junio de 1973.