El Museo Municipal de Algeciras se halla situado en la zona de la ciudad conocida por la Villa Vieja, junto al Parque de las Acacias y en la confluencia de las calles Ortega y Gasset y Goya. La Villa Vieja fue el solar donde estuvo ubicada la medina de la ciudad medieval y donde todavía se conservan restos de la mezquita aljama y de las murallas islámicas.

El edificio donde se encuentra la sede del Museo es una casona de finales del siglo XIX, conocida con el nombre de "Casa de los Guardeses". Su interior fue reformado totalmente en el año 1.995 para adaptarlo a las necesidades de las salas de exposición, en tanto que el aspecto exterior se conservó tal como estaba en el pasado.

Consta de dos plantas. La inferior con cuatro salas y la superior con tres. En la planta baja se exponen elementos materiales, ilustraciones e información escrita de las culturas que se desarrollaron en la zona desde la Prehistoria hasta la Baja Edad Media. La planta alta se dedica a los acontecimientos históricos y a la exposición de obras de arte de los siglos XVII al XX.