"Palomeque" es un diminutivo de origen mozárabe que significa tanto como "palomarcito" o "palomarejo". La toponimia confirma la ascendencia mozárabe, con "Mingorrubio", "Riachuelo", "Zarzalejo".
Las relaciones de Felipe II tratan de Palomeque en el 1578, dándole como lugar en la jurisdicción de "El Viso". Los testigos que intervienen en la relación creen que se hizo pueblo en el siglo XV, aunque antes sería una aldea. El territorio es frío, poco sano, "mísero de leña"; hay un pequeño soto y un huerta llamada de El Comendador. Suelen moler sus panes en los ríos Tajo, Guajadarrama y en un arroyo conocido con el nombre de Las Aceñas. La justicia la pone el comendador. Se dedica la iglesia a San Juan Bautista.