Se han hallado restos neolíticos en el mismo lugar donde se asienta el municipio.
Peñarroya fuen conquistada en 1169 a los árabes por el rey D. Alfonso I de Aragón, obteniendo el título de villa en 1327, previamente fue donada en a la Orden de Calatrava en 1209 de la que forma parte ininterrumpidamente.
El rey Pedro IV, en el mes de sptiembre de 1341, visita la ermita de la Virgen de la Fuente y es nombrado primer cofrade de la misma. La población tenía un castillo que fue totalemente destruido en la última Guerra Carlista.