Hay restos arqueológicos que atestiguan que fue habitado en la Prehistoria; en la dominación romana; con visigodos, árabes, etc.
Mientras preparamos el texto para incluir aquí, adelantamos que el término de Santa María, está ligado durante muchos siglos al señorío de abadengo del Monasterios de las Huelgas de Burgos, fundado por el Rey Alfonso VIII y su esposa Leonor de Inglaterra.
Durante mucho tiempo, la historia de Santa Maria de las Hoyas y la de Espeja de San Marcelino ,por ser ambos pueblos colindantes, debieron de sufrir las mismas o muy parecidas vicisitudes.
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