Gótico esplendoroso en su crucero, con torre románica y algunos ventanales del mismo estilo. Maravilloso retablo renacentista donde se conjugan la bella traza, la delicadeza de las gúbias que trabajaron y la monumentalidad del mismo. El pórtico de entrada a la Iglesia es plateresco y está muy deteriorado por la calidad de la piedra; en él campean los escudos de su mecenas el Patriarca de las Indias D. Antonio de Rojas, gran restaurador del convento franciscano de Villasilos, al que donó su biblioteca y donde quiso ser enterrado. Fue arzobispo de Burgos y anteriormente obispo de Palencia.
El púlpito, en madera de nogal, plateresco, es obra anónima del XV. EL coro de la Iglesia tiene tres piezas importantes: El órgano, barroco, actualmente restaurado y donde se ofrecen frecuentes conciertos. La Sillería en nogal, renacentista, con apostolado en los respaldos de las sillas. Y en medio del coro el facistol, bella pieza de exposiciones y que por si solo el digno de figurar en museos.