El territorio de Los Molinos tiene presencia en las vías de comunicación desde muy antiguo, pero la existencia de un núcleo de población estable no se consolida XIV o XV.
Fue lugar de paso de calzadas romanas, y de cañadas de ganado en la edad media.
El orígen del nombre tiene lugar entre los siglos XV y XVI, cuando en el lugar de construyen gran cantidad de molinos de agua, a fin de proveer de alimentos a la población que estaba atrayendo en esa época la construcción del Monasterio del Escorial.
En el año de 1.666 se concedía a Los Molinos el título de Villa, que firmaba la Reina Doña María Ana de Austria, como regente de los reinos de su hijo, el Infante-Rey Carlos II.
En el siglo XIX llega a Los Molinos el ferrocarril, lo que supone un hito muy importante en la historia moderna del pueblo.
A finales del S. XIX y primeros del XX se crean las primeras colonias de segunda residencia, siendo hoy el turismo una de las principales fuentes de ingreso del pueblo.