Su construcción se inició tras la conquista cristiana, pero en el siglo XVI Andrés de Vandelvira inició un ambicioso proyecto de remodelación y ampliación . ste proyecto se vio frustrado por el alto pago impuesto por Felipe II a los vecinos para la consecución de su independencia de la ciudad madre de Baeza.
Una parada en las obras que permitió la pervivencia del estilo gótico y el renacentista.
En el interior está dividida en tres naves separadas por arcos formeros apuntados que apoyan en pilares octogonales con columnillas adosadas y finos capiteles.Las bóvedas de crucería tienen la clave decorada con los escudos de los caballeros castellanos que conquistaron la ciudad.La fábrica renacentista se centra en el crucero y presbiterio, con decoración de casetones de claro influjo vandelviriano.
La portada principal es de estilo gótico-isabelino.De finales del XVII presenta la iglesia una imponente portada barroca, la de San Pedro, y la torre de planta octogonal.
El altar mayor está presidido por un magnífico retablo de principios del XVI, de estilo italo-flamenco, que fue traído de Villabines de León en los años cincuenta.
Fue declarada Monumento Histórico-Artístico en el año 1974.