Cistella forma parte de la comarca del Alt Empordà, provincia de Girona. El término municipal tiene una extensión de 26 km2 y 130 m.de altitud.
Los límites del término municipal son al norte con Terrades y Llers, al este con Avinyonet de Puigventós, al sur con Lladó y al oeste con Albanyà.Tiene agregados los núcleos de La Virgen de Vida, La Ribera de Les Planes, Sant Baldiri y Vilarig.