Del estudio de las diversas historias escritas sobre la Ciudad, podemos deducir que nuestro primer templo, tras la reconquista portuguesa fue ubicado en lo que había sido mezquita mayor durante la dominación árabe (711-1415) al igual que al parecer estos hicieron con las iglesias que se encontraron levantadas en la época Bizantina. Situada como ya precisamos en la Playa que lleva el nombre de la Patrona, fue creada como tal, por la Bula "Romanix Pontifex" expedida por el Papa Martín V, el 4 de Abril de 1420. Este decreto papal comisionaba para erigirla como tal a los Obispos de Braga y Lisboa que así lo hicieron el 6 de Septiembre de 1420. Su primer titular lo fue, Fray Amaro de Aurillac y Orleans, O.F. Ejerció su labor apostólica desde 1421 al 1443. Originalmente fue dedicada a la Virgen de la Asunción y a San Daniel y Compañeros Mártires, Patronos de Ceuta.
Fueron varias las reparaciones que el Templo sufrió. Durante el sitio de los Treinta años se convirtió en Hospital de Sangre. La última reconstrucción dio origen a su estado actual, siendo el máximo impulsor de la misma en 1949, el Deán, D. Rafael Navarro Acuña.
En su recinto es digna de admirar la capilla del Santísimo con su bonito y llamativo retablo barroco del siglo XVIII. Hay una Capilla dedicada a los Santos Patronos, cuya vidriera fue costeada por el Centro de Hijos de Ceuta. Alrededor de la girola pintó el artista Miguel Bernardini, unos frescos que recuerdan la reconquista de Ceuta por los portugueses.
Existen también tres grandes lienzos alusivos, Santo Tomás de Villanueva, San Ildefonso de Toledo, copia del cuadro de Rubens, Triunfo de la Eucaristía, la Anunciación, la Adoración de Tomás Gutiérrez y el de los Santos Mártires del Presbítero, Tomás de Pereda y Torres. En ella está expuesta la Virgen Capitana o Portuguesa, traída por los lusitanos en el siglo XV y que fue objeto de una desafortunada restauración, a la que durante bastante tiempo se le dio culto en la Iglesia de Nuestra Señora del Valle.