El acceso a San Juan del Molinillo no presenta especiales dificultades, a pesar de lo intrincado del paisaje.
Está ubicado en la falda sur de la Paramera, bajo el Pico Zapatero, el segundo más alto de la provincia y paisaje protegido.
Es uno de los municipios cuyo casco urbano, así como los de sus anejos Villarejo y Navandrinal, se encuentran ligeramente distanciados del cauce del río Alberche, aunque totalmente integrados dentro de su marco histórico-geográfico.