Tras el hundimiento de la gran mezquita de Almería, a causa del terremoto de 1522, se inicia la construcción de la catedral en el año 1524 por el obispo Fray Diego Fernández de Villalán, obra que fue encargada a Diego de Siloé. Ejemplo único en su género como catedral-fortaleza.
En una primera fase se realizó la fortaleza y la parte gótica. El curioso aspecto de fortaleza que ofrece se explica por los frecuentes ataques de piratas berberiscos. Estos ataques hicieron aconsejable que, en caso de que fuera necesario, el templo pudiera utilizarse como punto fuerte de la defensa. El interior es amplio, dividido en tres naves con bóvedas góticas sostenidas por pilares.
Las dos portadas, trazadas por Juan de Orea, hacen gala de un elegante clasicismo. Es también obra de este autor la sillería del coro que fue tallada en madera de nogal en 1560. La torre del homenaje se terminó en el siglo XVII y la plaza de armas se convirtió en claustro en el siglo XVIII. En el centro del templo está situado el Altar Mayor y el Tabernáculo, también del siglo XVIII, en mármol y jaspe con imágenes de alabastro diseñado por Ventura Rodríguez. Son dignas de mención las hermosas bóvedas góticas de nervaduras de sus tres naves y el Museo Diocesano. Este museo está situado junto al claustro, de estilo renacentista, y tiene una notable colección de obras de Murillo, Ribera y Alonso Cano y la imagen de San Indalecio, patrón de Almería, esculpida por Salzilllo.